2021年2月16日，美国斯隆基金会（Alfred P.Sloan Foundation）公布了2021年获得斯隆研究奖（Sloan Research Fellowships）的学者名单，共有17位华人学者获奖，其中南京大学物理学院2001届本科校友、哈佛大学医学院助理教授李恒榜上有名。
斯隆研究奖，也有着“诺奖风向标”的美称。自1955年设立以来，颁发给物理学、化学和数学领域的杰出青年，以向这些“早期职业科学家和学者提供支持和认可”，后来陆续增加了神经科学、经济学、计算机科学、以及计算和进化分子生物学。
李恒是2021年斯隆奖华人青年学者中唯一一位本科博士均在国内取得的获奖者，是2014—2016年计算机领域高被引科学家（全球排名前1％）和2017年分子生物学和遗传学领域高被引科学家（全球排名前1％）；曾在2012年获得过“本杰明·富兰克林生命科学奖”（2017年诺贝尔化学奖得主约阿基姆弗兰克也拿过这个奖）；2009—2010年美国科学促进会“纽科姆克利夫兰最杰出论文奖”合作者（国内最早获得此奖的是中国科大常务副校长潘建伟院士团队）。
李恒博士名下仅高被引的Nature/Science正刊论文就有12篇，其中9篇Nature，3篇Science论文。他引用最高的两篇论文是2009年发表在Bioinformatics题为The Sequence Alignment/Map format and SAMtools的论文，该论文主要研究“基因测序数据处理”，目前该文累计被引为30,462次；
第二篇“高引”论文也仅有两位作者，该论文于2009年发表在Bioinformatics题为Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform论文，论文入选“2001—2020年全球被引频次最高的10篇论文”，目前该论文累计被引为27,426次。
作为国际顶级生物信息科学家，李恒于2018年1月24日出任其基因云计算平台BGI Online及生物信息领域的资深顾问，为华大云平台BGI Online带来最领先的技术与理念，也为我国生物信息学的发展带来新动能。
无论是来自科研机构、大学还是商业公司，只要他们对基因测序分析有需求，都必须使用李恒博士开发的基因测序对比软件和设计的数据格式，李恒博士开发的基因测序对比软件已成为生物信息分析的基石。
2019年12月10日，李恒博士和阮钰共同合作开发了三代测序数据组装算法——wtdbg2，其速度是已发布工具的2—17倍，该算法极大提高了三代测序数据的分析效率，为未来的人群规模长读长测序数据组装铺平了道路。该研究以“Fast and accurate long-read assembly with wtdbg2”为题发表在《自然·方法学》。这一研究成果代表我国在基因组算法领域具有不输于国际甚至引领国际的实力，也代表了我国科技发展的软实力。
李恒博士对下一代基因测序对比软件的开发做出了极具影响力的贡献，未来希望他能够继续助力生物信息学的发展，为人类健康“添砖加瓦”！
